Namiko Mitarai

Namiko Mitarai

Lektor


  1. 2024
  2. Udgivet

    The Gompertz Law emerges naturally from the inter-dependencies between sub-components in complex organisms

    Yde, Pernille, Jensen, Majken Karoline, Mitarai, Namiko & Bhatt, Samir, 2024, I: Scientific Reports. 14, 1, 11 s., 1196.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  3. Udgivet

    The dynamics of phage predation on a microcolony

    Eriksen, R. S., Larsen, Frej Andreas Nøhr, Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 2024, I: Biophysical Journal. 123, 2, s. 147-156 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  4. 2023
  5. Udgivet

    Motility mediates satellite formation in confined biofilms

    Cordero, Mireia, Mitarai, Namiko & Jauffred, Liselotte, 17 aug. 2023, I: ISME Journal. 17, s. 1819-1827 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Sustainable diversity of phage-bacteria systems

    Mitarai, Namiko, Marantos, Anastasios & Sneppen, Kim, 1 jun. 2023, I: Current Opinion in Systems Biology. 35, 6 s., 100468.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewfagfællebedømt

  7. 2022
  8. Udgivet

    Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism

    Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, 30 dec. 2022, I: Physical Review Research. 4, 4, 23 s., 043223.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  9. Udgivet

    From kill the winner to eliminate the winner in open phage-bacteria systems

    Marantos, Anastasios, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 8 aug. 2022, I: PLOS Computational Biology. 18, 8, 15 s., e1010400.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Distinct Survival, Growth Lag, and rRNA Degradation Kinetics during Long-Term Starvation for Carbon or Phosphate

    Himeoka, Y., Gummesson, Bertil, Sørensen, Michael Askvad, Svenningsen, Sine Lo & Mitarai, Namiko, 20 apr. 2022, I: mSphere. 7, 3, 12 s., e01006-21.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Protection of bacteriophage-sensitive Escherichia coli by lysogens

    Brown, Stanley, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2 apr. 2022, I: Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS). 119, 4, e2106005119.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  12. Udgivet

    A scaling law of multilevel evolution: how the balance between within- and among-collective evolution is determined

    Takeuchi, N., Mitarai, Namiko & Kaneko, Kunihiko, 4 feb. 2022, I: Genetics. 220, 2, 9 s., 182.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Existence of log-phase Escherichia coli persisters and lasting memory of a starvation pulse

    Svenningsen, Mikkel Skjoldan, Svenningsen, Sine Lo, Sørensen, Michael Askvad & Mitarai, Namiko, 2022, I: Life Science Alliance. 5, 2, 9 s., e202101076.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  14. 2021
  15. Udgivet

    When to wake up? The optimal waking-up strategies for starvation-induced persistence

    Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, 11 feb. 2021, I: PLoS Computational Biology. 17, 2, 21 s., 1008655.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  16. 2020
  17. Udgivet

    On Phage Adsorption to Bacterial Chains

    Eriksen, R. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 3 nov. 2020, I: Biophysical Journal. 119, 9, s. 1896-1904 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Dynamics of bacterial populations under the feast-famine cycles

    Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, 27 mar. 2020, I: Physical Review Research. 2, 1, 15 s., 013372.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  19. Udgivet

    How pirate phage interferes with helper phage: Comparison of the two distinct strategies

    Mitarai, Namiko, 7 feb. 2020, I: Journal of Theoretical Biology. 486, 9 s., 110096.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Sustainability of spatially distributed bacteria-phage systems

    Eriksen, R. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2020, I: Scientific Reports. 10, 1, s. 1-12 3154.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Valine-Induced Isoleucine Starvation in Escherichia coli K-12 Studied by Spike-In Normalized RNA Sequencing

    Gummesson, Bertil, Shah, S. A., Borum, A. S., Fessler, M., Mitarai, Namiko, Sørensen, Michael Askvad & Svenningsen, Sine Lo, 2020, I: Frontiers in Genetics. 11, 17 s., 144.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  22. 2019
  23. Udgivet

    Birth and Resuscitation of (p)ppGpp Induced Antibiotic Tolerant Persister Cells

    Svenningsen, Mikkel Skjoldan, Veress, A., Harms, A., Mitarai, Namiko & Semsey, S., 15 apr. 2019, I: Scientific Reports. 9, 13 s., 6056.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Modeling slow-processing of toxin messenger RNAs in type-I toxin-antitoxin systems: post-segregational killing and noise filtering

    Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, mar. 2019, I: Physical Biology. 16, 2, 026001.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Fast Translation within the First 45 Codons Decreases mRNA Stability and Increases Premature Transcription Termination in E. coli

    Pedersen, Steen, Terkelsen, Thilde Bagger, Eriksen, M., Hauge, M. K., Lund, C. C., Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 2019, I: Journal of Molecular Biology. 431, 6, s. 1088-1097 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Gene Expression Changes with Minor Effects on the Population Average Have Major Effects on the Occurrence of Cells with Extreme Protein Concentrations

    Svenningsen, Mikkel Skjoldan, Semsey, S. & Mitarai, Namiko, 2019, I: mSphere. 4, 1, s. 1-6 e00575-18.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  27. 2018
  28. Udgivet

    Toxins, Targets, and Triggers: An Overview of Toxin-Antitoxin Biology

    Harms, A., Brodersen, D. E., Mitarai, Namiko & Gerdes, K., 7 jun. 2018, I: Molecular Cell. 70, 5, s. 768-784 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Theory of invasion extinction dynamics in minimal food webs

    Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 12 feb. 2018, I: Physical Review E. 97, 2, 10 s., 022404.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  30. Udgivet

    A growing microcolony can survive and support persistent propagation of virulent phages

    Eriksen, R. S., Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 1 jan. 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS). 115, 2, s. 337-342

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Dynamic Modeling of Indole Glucosinolate Hydrolysis and Its Impact on Auxin Signaling

    Vik, D., Mitarai, Namiko, Wulff, N., Halkier, Barbara Ann & Burow, Meike, 2018, I: Frontiers in Plant Science. 9, 16 s., 550.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  32. 2017
  33. Udgivet

    Existence and construction of large stable food webs

    Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 8 sep. 2017, I: Physical Review E. 96, 3, 032406.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Synchronized switching of multiple toxin-antitoxin modules by (p)ppGpp fluctuation

    Tian, C., Semsey, S. & Mitarai, Namiko, 21 aug. 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, 14, s. 8180-8189 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Deterministic extinction by mixing in cyclically competing species

    Feldager, C. W., Mitarai, Namiko & Ohta, H., 20 mar. 2017, I: Physical Review E. 95, 3, 032318.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Occlusion of the ribosome binding site connects the translational initiation frequency, mRNA stability and premature transcription termination

    Eriksen, M., Sneppen, Kim, Pedersen, Steen & Mitarai, Namiko, 14 mar. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 7 s., 362.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Characterization of phase transitions in a model ecosystem of sessile species

    Uekermann, F., Mathiesen, Joachim & Mitarai, Namiko, 13 mar. 2017, I: Physical Review E. 95, 3, 032409.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  38. 2016
  39. Udgivet

    Rapid Curtailing of the Stringent Response by Toxin-Antitoxin Encoded mRNases

    Tian, C., Roghanian, Mohammad, Jørgensen, M. G., Sneppen, Kim, Sørensen, Michael Askvad, Gerdes, K. & Mitarai, Namiko, jul. 2016, I: Journal of Bacteriology. 198, 14, s. 1918-1926

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Bifurcation of transition paths induced by coupled bistable systems

    Tian, C. & Mitarai, Namiko, 7 jun. 2016, I: The Journal of Chemical Physics. 144, 21, 215102.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Population Dynamics of Phage and Bacteria in Spatially Structured Habitats Using Phage lambda and Escherichia coli

    Mitarai, Namiko, Brown, Stanley & Sneppen, Kim, 11 apr. 2016, I: Journal of Bacteriology. 198, 12, s. 1783-1793

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Three is much more than two in coarsening dynamics of cyclic competitions

    Mitarai, Namiko, Gunnarson, I., Pedersen, B. N., Rosiek, C. A. & Sneppen, Kim, apr. 2016, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 93, 042408.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Food Web Assembly Rules for Generalized Lotka-Volterra Equations

    Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, feb. 2016, I: PLoS Computational Biology. 12, 2, e1004727.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  44. 2015
  45. Udgivet

    Dynamic competition between transcription initiation and repression: Role of nonequilibrium steps in cell-to-cell heterogeneity

    Mitarai, Namiko, Semsey, S. & Sneppen, Kim, 13 aug. 2015, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 92, 2, 022710.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Coupled positive and negative feedbacks produce diverse gene expression patterns in colonies

    Mitarai, Namiko, Jensen, Mogens Høgh & Semsey, S., 7 apr. 2015, I: mBio (Print). 6, 2, e00059-15 .

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  47. 2014
  48. Udgivet

    Phage and bacteria support mutual diversity in a narrowing staircase of coexistence

    Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 3 nov. 2014, I: I S M E Journal. 28, 11, s. 2317-2326

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Speciation, diversification, and coexistence of sessile species that compete for space

    Mitarai, Namiko, Heinsalu, E. & Sneppen, Kim, 12 maj 2014, I: PloS One. 9, 5, s. e96665

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Disturbance accelerates the transition from low- to high-diversity state in a model ecosystem

    Botta, F. & Mitarai, Namiko, 4 feb. 2014, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 89, 2, 022704.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Modeling rises and falls in money addicted social hierarchies

    Dybiec, B., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2014, I: Physica Scripta. 89, 8, 085002.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  52. 2013
  53. Udgivet

    Control of ribosome traffic by position-dependent choice of synonymous codons

    Mitarai, Namiko & Pedersen, Steen, 8 okt. 2013, I: Physical Biology. 10, 5, 056011.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  54. Udgivet

    Experimental observation of shear thickening oscillation

    Nagahiro, S., Nakanishi, H. & Mitarai, Namiko, 1 okt. 2013, I: EPL. 104, 2, 28002.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  55. Udgivet

    Conditional Cooperativity of Toxin - Antitoxin Regulation Can Mediate Bistability between Growth and Dormancy

    Cataudella, I., Sneppen, Kim, Gerdes, K. & Mitarai, Namiko, 1 aug. 2013, I: PLoS Computational Biology. 9, 8, e1003174.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  56. Udgivet

    Entrainment of noise-induced and limit cycle oscillators under weak noise

    Mitarai, Namiko, Alon, U. & Jensen, Mogens Høgh, 1 jun. 2013, I: Chaos. 23, 2, 023125.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  57. 2012
  58. Udgivet

    Circuit architecture explains functional similarity of bacterial heat shock responses

    Masayo, I., Mitarai, Namiko & Trusina, Ala, 1 dec. 2012, I: Physical Biology. 9, 6, s. 066003

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  59. Udgivet

    Axelrod model: accepting or discussing

    Dybiec, B. M., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 1 okt. 2012, I: European Physical Journal B. Condensed Matter and Complex Systems. 85, 10, s. 357

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  60. Udgivet

    Multistability with a Metastable Mixed State

    Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 5 sep. 2012, I: Physical Review Letters. 109, 10, s. 100602 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  61. Udgivet

    Switching between oscillations and homeostasis in competing negative and positive feedback motifs

    Li, W., Krishna, S., Pigolotti, S., Mitarai, Namiko & Jensen, Mogens Høgh, 21 aug. 2012, I: Journal of Theoretical Biology. 307, s. 205-210

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  62. Udgivet

    Emergence of diversity in a model ecosystem

    Mitarai, Namiko, Mathiesen, Joachim & Sneppen, Kim, 30 jul. 2012, I: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 86, 1, s. 011929 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  63. Udgivet

    Information spreading and development of cultural centers

    Dybiec, B. M., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 18 maj 2012, I: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 85, 5, s. 056116 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

Forrige 1 2 Næste

ID: 12071632