Kim Sneppen

Kim Sneppen

Professor


  1. 2010
  2. Udgivet

    Theory for the stability and regulation of epigenetic landscapes

    Micheelsen, M. A., Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Dodd, I. B., 4 jun. 2010, I: Physical Biology. 7, 2, s. 026010 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Organizational structure and communication networks in a university environment

    Mathiesen, Joachim, Jamtveit, B. & Sneppen, Kim, 2 jul. 2010, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 82, 1, s. 016104 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Economy of operon formation: cotranscription minimizes shortfall in protein complexes

    Sneppen, Kim, Pedersen, Steen, Krishna, S., Dodd, I. B. & Semsey, S., 21 sep. 2010, I: Microbe. 1, 4, s. e00177-10

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    A minimal model for multiple epidemics and immunity spreading

    Sneppen, Kim, Trusina, Ala, Jensen, Mogens Høgh & Bornholdt, S., 18 okt. 2010, I: PLoS ONE. 5, 10, s. e13326

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Minimal gene regulatory circuits for a lysis-lysogeny choice in the presence of noise

    Avlund, M., Krishna, S., Semsey, S., Dodd, I. B. & Sneppen, Kim, 20 dec. 2010, I: PLoS ONE. 5, 12, s. 0015037 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. 2011
  8. Udgivet

    Direct and indirect effects in the regulation of overlapping promoters

    Bendtsen, K. M., Erdossy, J., Csiszovski, Z., Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim, Krishna, S. & Semsey, S., 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, 16, s. 6879-6885 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    The functional half-life of an mRNA depends on the ribosome spacing in an early coding region

    Pedersen, M., Nissen, S., Mitarai, Namiko, Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Pedersen, Steen, 2011, I: Journal of Molecular Biology. 407, 1, s. 35-44 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Key players in the genetic switch of bacteriophage TP901-1.

    Alsing, A., Pedersen, M., Sneppen, Kim & Hammer, K., 19 jan. 2011, I: Biophysical Journal. 100, 2, s. 313-321 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Emergence and decline of scientific paradigms

    Bornholdt, S., Jensen, Mogens Høgh & Sneppen, Kim, 2 feb. 2011, I: Physical Review Letters. 106, 5, s. 058701 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Modeling the spatial dynamics of culture spreading in the presence of cultural strongholds

    Lizana, G. L., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 28 jun. 2011, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 83, 6, s. 066116 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Targeted bacterial immunity buffres phage diversity

    Härter, Jan Olaf Mirko, Trusina, Ala & Sneppen, Kim, 21 aug. 2011, I: Journal of Virology. 85, 20, s. 10554-10560 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Locally self-organized quasicritical percolation in a multiple-disease model

    Juul, J. S. & Sneppen, Kim, 30 sep. 2011, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 84, 3, s. 0036119 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Ecosystems with Mutually Exclusive Interactions Self-Organize to a State of High Diversity

    Mathiesen, Joachim, Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Trusina, Ala, 25 okt. 2011, I: Physical Review Letters. 107, 18, s. 188101

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Barriers and Silencers: A Theoretical Toolkit for Control and Containment of Nucleosome-Based Epigenetic States

    Dodd, I. B. & Sneppen, Kim, 9 dec. 2011, I: Journal of Molecular Biology. 414, 4, s. 624-637

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. 2012
  18. Udgivet

    A simple histone code opens many paths to epigenetics

    Sneppen, Kim & Dodd, I. B., 2012, I: P L o S Computational Biology. 8, 8, 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Danske Universiteter 2020: Hvidbog til Forskningspolitisk årsmøde 2012, Det Kongelige Danske Videnskabernes Selskab

    Bache, C., Christiansen, F. B., Løkke, Anne, Smith, N. & Sneppen, Kim, 2012, Det Kongelige Danske Videnskabernes Selskab. 50 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportRapportRådgivning

  20. Udgivet

    Protein Localization with Flexible DNA or RNA

    Bernhardsson, P. J. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 10 feb. 2012, I: PLoS.ONE.. 7, 2, s. e29218

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Correction to; Why Do Phage Play Dice? (vol 83, pg 11416, 2009)

    Avlund, M., Dodd, I. B., Semsey, S., Sneppen, Kim & Krishna, S., 1 mar. 2012, I: Journal of Virology. 86, 5, s. 22898-2898 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Conditional Cooperativity in Toxin-Antitoxin Regulation Prevents Random Toxin Activation and Promotes Fast Translational Recovery

    Cataudella, I., Trusina, Ala, Sneppen, Kim, Gerdes, K. & Mitarai, Namiko, 11 apr. 2012, I: Nucleic Acids Research. 40, 14, s. 6424-6434

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Information spreading and development of cultural centers

    Dybiec, B. M., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 18 maj 2012, I: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 85, 5, s. 056116 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Clonal selection prevents tragedy of the commons when neighbors compete in a rock-paper-scissors game

    Juul, J. S., Sneppen, Kim & Mathiesen, Joachim, 26 jun. 2012, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 85, 6, s. 061924 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Emergence of diversity in a model ecosystem

    Mitarai, Namiko, Mathiesen, Joachim & Sneppen, Kim, 30 jul. 2012, I: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 86, 1, s. 011929 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Coexistence of phage and bacteria on the boundary of self-organized refuges

    Heilmann, Silja, Sneppen, Kim & Krishna, S., 31 jul. 2012, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 31, s. 12828-33 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Coexistence of phage and bacteria on the boundary of self-organized refuges

    Heilmann, Silja, Sneppen, Kim & Krishna, S., 31 jul. 2012, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 109, 31, s. 12828-12833

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Spatial Structure and Lamarckian Adaptation Explain Extreme Genetic Diversity at CRISPR Locus

    Härter, Jan Olaf Mirko & Sneppen, Kim, 1 aug. 2012, I: mBio. 3, 4, s. e00126

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Multistability with a Metastable Mixed State

    Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 5 sep. 2012, I: Physical Review Letters. 109, 10, s. 100602 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Spreading of multiple epidemics with cross immunization

    Uekermann, F. & Sneppen, Kim, 13 sep. 2012, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 86, 3, Part 2, s. 036108 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Axelrod model: accepting or discussing

    Dybiec, B. M., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 1 okt. 2012, I: European Physical Journal B. Condensed Matter and Complex Systems. 85, 10, s. 357

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Specific contacts of the -35 region of the galP1 promoter by RNA polymerase inhibit GalR-mediated DNA looping repression

    Csiszovszki, Z., Lewis, D. E. A., Le, P., Sneppen, Kim & Semsey, S., 1 nov. 2012, I: Nucleic Acids Research. 40, 20, s. 10064-10072 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. 2013
  34. Udgivet

    Labyrinthine clustering in a spatial rock-paper-scissors ecosystem

    Juul, J. S., Sneppen, Kim & Mathiesen, Joachim, 8 apr. 2013, I: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 87, 4, s. 042702 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Differentiation of developing olfactory neurons analysed in terms of coupled epigenetic landscapes

    Alsing, A. & Sneppen, Kim, 1 maj 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, 9, 4755-4764.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Quality control system response to stochastic growth of amyloid fibrils

    Pigolotti, S., Lizana, L., Sneppen, Kim & Otzen, D., 2 maj 2013, I: F E B S Letters. 587, 9, s. 1405-1410 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Genetic Regulatory Networks that count to 3

    Lehmann, M. & Sneppen, Kim, 1 jul. 2013, I: Journal of Theoretical Biology. 329, s. 15-19 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Conditional Cooperativity of Toxin - Antitoxin Regulation Can Mediate Bistability between Growth and Dormancy

    Cataudella, I., Sneppen, Kim, Gerdes, K. & Mitarai, Namiko, 1 aug. 2013, I: PLoS Computational Biology. 9, 8, e1003174.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    DNA supercoiling enhances cooperativity and efficiency of an epigenetic switch

    Norregaard, K., Andersson, M., Sneppen, Kim, Nielsen, Peter E., Brown, Stanley & Oddershede, L. B., 22 okt. 2013, I: Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS). 110, 43, s. 17386-91 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. 2014
  41. Udgivet

    Modeling rises and falls in money addicted social hierarchies

    Dybiec, B., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2014, I: Physica Scripta. 89, 8, 085002.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Udgivet

    Effect of supercoiling on the λ switch

    Norregaard, K., Andersson, M., Sneppen, Kim, Nielsen, Peter E., Brown, Stanley & Oddershede, L. B., 1 jan. 2014, I: Bacteriophage. 4, 2, s. 1-5 5 s., e27517.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Collaboration between CpG sites is needed for stable somatic inheritance of DNA methylation states

    Härter, Jan Olaf Mirko, Lövkvist, Cecilia, Dodd, I. B. & Sneppen, Kim, 1 feb. 2014, I: Nucleic Acids Research. 42, 4, s. 2235-2244

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Speciation, diversification, and coexistence of sessile species that compete for space

    Mitarai, Namiko, Heinsalu, E. & Sneppen, Kim, 12 maj 2014, I: PloS One. 9, 5, s. e96665

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Models of life: Dynamics and regulation in biological systems

    Sneppen, Kim, 5 okt. 2014, Cambridge University Press udg. Cambridge. 342 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportBogForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Phage and bacteria support mutual diversity in a narrowing staircase of coexistence

    Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 3 nov. 2014, I: I S M E Journal. 28, 11, s. 2317-2326

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Mismatch repair at stop codons is directed independent of GATC methylation on the Escherichia coli chromosome

    Sneppen, Kim & Semsey, S., 5 dec. 2014, I: Scientific Reports. 4, 7436.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. 2015
  49. Udgivet

    Cooperative stabilization of the SIR complex provides robust epigenetic memory in a model of SIR silencing in Saccharomyces cerevisiae

    Sneppen, Kim & Dodd, I. B., 1 apr. 2015, I: Epigenetics. 10, 4, s. 293-302

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Restriction modification systems as engines of diversity

    Sneppen, Kim, Semsey, S., Seshasayee, A. S. N. & Krishna, S., 2 jun. 2015, I: Frontiers in Microbiology. 6, 528.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Well-temperate phage: optimal bet-hedging against local environmental collapses

    Maslov, S. & Sneppen, Kim, 2 jun. 2015, I: Scientific Reports. 5, 10523.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  52. Udgivet

    Dynamic competition between transcription initiation and repression: Role of nonequilibrium steps in cell-to-cell heterogeneity

    Mitarai, Namiko, Semsey, S. & Sneppen, Kim, 13 aug. 2015, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 92, 2, 022710.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  53. Udgivet

    Diversity Waves in Collapse-Driven Population Dynamics

    Maslov, S. & Sneppen, Kim, 1 sep. 2015, I: P L o S One. 11, 9, e1004440.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  54. 2016
  55. Udgivet

    A cross-immunization model for the extinction of old influenza strains

    Uekermann, F. & Sneppen, Kim, 2016, I: Scientific Reports. 6, 8 s., 25907.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  56. Udgivet

    Nucleation and spreading of a heterochromatic domain in fission yeast

    Obersriebnig, M. J., Pallesen, E. M. H., Sneppen, Kim, Trusina, Ala & Thon, Genevieve, 2016, I: Nature Communications. 7, 11 s., 11518.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  57. Udgivet

    Stabilization of epigenetic states of CpG islands by local cooperation

    Sormani, G., Härter, Jan Olaf Mirko, Lövkvist, Cecilia & Sneppen, Kim, 2016, I: Molecular BioSystems. 12, 7, s. 2142-2146

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 10093