Kim Sneppen

Kim Sneppen

Professor


  1. 2012
  2. Udgivet

    Protein Localization with Flexible DNA or RNA

    Bernhardsson, P. J. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 10 feb. 2012, I: PLoS.ONE.. 7, 2, s. e29218

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    A simple histone code opens many paths to epigenetics

    Sneppen, Kim & Dodd, I. B., 2012, I: P L o S Computational Biology. 8, 8, 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Danske Universiteter 2020: Hvidbog til Forskningspolitisk årsmøde 2012, Det Kongelige Danske Videnskabernes Selskab

    Bache, C., Christiansen, F. B., Løkke, Anne, Smith, N. & Sneppen, Kim, 2012, Det Kongelige Danske Videnskabernes Selskab. 50 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportRapportRådgivning

  5. 2011
  6. Udgivet

    Barriers and Silencers: A Theoretical Toolkit for Control and Containment of Nucleosome-Based Epigenetic States

    Dodd, I. B. & Sneppen, Kim, 9 dec. 2011, I: Journal of Molecular Biology. 414, 4, s. 624-637

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Ecosystems with Mutually Exclusive Interactions Self-Organize to a State of High Diversity

    Mathiesen, Joachim, Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Trusina, Ala, 25 okt. 2011, I: Physical Review Letters. 107, 18, s. 188101

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Locally self-organized quasicritical percolation in a multiple-disease model

    Juul, J. S. & Sneppen, Kim, 30 sep. 2011, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 84, 3, s. 0036119 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Targeted bacterial immunity buffres phage diversity

    Härter, Jan Olaf Mirko, Trusina, Ala & Sneppen, Kim, 21 aug. 2011, I: Journal of Virology. 85, 20, s. 10554-10560 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Modeling the spatial dynamics of culture spreading in the presence of cultural strongholds

    Lizana, G. L., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 28 jun. 2011, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 83, 6, s. 066116 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Emergence and decline of scientific paradigms

    Bornholdt, S., Jensen, Mogens Høgh & Sneppen, Kim, 2 feb. 2011, I: Physical Review Letters. 106, 5, s. 058701 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Key players in the genetic switch of bacteriophage TP901-1.

    Alsing, A., Pedersen, M., Sneppen, Kim & Hammer, K., 19 jan. 2011, I: Biophysical Journal. 100, 2, s. 313-321 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Direct and indirect effects in the regulation of overlapping promoters

    Bendtsen, K. M., Erdossy, J., Csiszovski, Z., Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim, Krishna, S. & Semsey, S., 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, 16, s. 6879-6885 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    The functional half-life of an mRNA depends on the ribosome spacing in an early coding region

    Pedersen, M., Nissen, S., Mitarai, Namiko, Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Pedersen, Steen, 2011, I: Journal of Molecular Biology. 407, 1, s. 35-44 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. 2010
  16. Udgivet

    Minimal gene regulatory circuits for a lysis-lysogeny choice in the presence of noise

    Avlund, M., Krishna, S., Semsey, S., Dodd, I. B. & Sneppen, Kim, 20 dec. 2010, I: PLoS ONE. 5, 12, s. 0015037 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    A minimal model for multiple epidemics and immunity spreading

    Sneppen, Kim, Trusina, Ala, Jensen, Mogens Høgh & Bornholdt, S., 18 okt. 2010, I: PLoS ONE. 5, 10, s. e13326

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Economy of operon formation: cotranscription minimizes shortfall in protein complexes

    Sneppen, Kim, Pedersen, Steen, Krishna, S., Dodd, I. B. & Semsey, S., 21 sep. 2010, I: Microbe. 1, 4, s. e00177-10

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Organizational structure and communication networks in a university environment

    Mathiesen, Joachim, Jamtveit, B. & Sneppen, Kim, 2 jul. 2010, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 82, 1, s. 016104 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Theory for the stability and regulation of epigenetic landscapes

    Micheelsen, M. A., Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Dodd, I. B., 4 jun. 2010, I: Physical Biology. 7, 2, s. 026010 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Structural correlations in bacterial metabolic networks

    Gerlee, P. D. M., Bernhardsson, P. J. S., Lizana, G. L. & Sneppen, Kim, 1 jun. 2010, I: FEBS Journal. 277, Suppl. 1, s. 114-114 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  22. Udgivet

    Sustainability of Virulence in a Phage-Bacterial Ecosystem

    Heilmann, Silja, Sneppen, Kim & Krishna, S., 1 mar. 2010, I: Journal of Virology. 84, 6, s. 3016-3022 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Time walkers and spatial dynamics of ageing information

    Lizana, G. L., Rosvall, M. & Sneppen, Kim, 29 jan. 2010, I: Physical Review Letters. 104, 4, s. 040603 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Simplified models of biological networks

    Sneppen, Kim, Krishna, S. & Semsey, S., 4 jan. 2010, I: Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. 9, 39, s. 43-59 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. 2009
  26. Udgivet

    Minimal Gene Regulatory Circuits that Can Count like Bacteriophage Lambda

    Avlund, M., Dodd, I. B., Sneppen, Kim & Krishna, S., 11 dec. 2009, I: Journal of Molecular Biology. 394, 4, s. 681-693

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Why do phage play dice?

    Avlund, M., Dodd, I. B., Semsey, S., Sneppen, Kim & Krishna, S., nov. 2009, I: Journal of Virology. 83, 22, s. 11416-20 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Dominant negative autoregulation limits steady-state repression levels in gene networks

    Semsey, S., Krishna, S., Erdossy, J., Horváth, P., Orosz, L., Sneppen, Kim & Adhya, S., jul. 2009, I: Journal of Bacteriology. 191, 14, s. 4487-91 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Dynamic features of gene expression control by small regulatory RNAs

    Mitarai, Namiko, Benjamin, J. M., Krishna, S., Semsey, S., Csiszovszki, Z., Massé, E. & Sneppen, Kim, 30 jun. 2009, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106, 26, s. 10655-9 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Dominant negative autoregulation limits steady-state repression levels in gene networks

    Semsey, S., Krishna, S., Erdossy, J., Horvath, P., Orosz, L., Sneppen, Kim & Adhya, S., 2009, I: Journal of Bacteriology. 191, 14, s. 4487-4491 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Dynamic features of gene expression control by small regulatory RNAs

    Mitarai, Namiko, Bemjamin, J., Krishna, S., Semsey, S., Csiszovszki, Z., Masse, E. & Sneppen, Kim, 2009, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 106, 26, s. 10655-10659 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Dynamics of the recovery from sRNA-mediated gene silencing

    Semsey, S., Bemjamin, J., Mitarai, Namiko, Krishna, S., Csiszovszki, Z., Sneppen, Kim & Masse, E., 2009, I: Cell Cycle. 8, 18, s. 2863-2864 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Dynamics of uptake and metabolism of small molecules in cellular response systems

    Werner, M., Semsey, S., Sneppen, Kim & Krishna, S., 2009, I: P L o S One. 4, 3, s. e4923

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Dynamics of uptake and metabolism of small molecules in cellular response systems

    Werner, M., Semsey, S., Sneppen, Kim & Krishna, S., 2009, I: PLoS ONE. 4, 3, s. e4923

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Modeling of the genetic switch of bacteriophage TP901-1: a heteromer of CI and MOR ensures robust bistability

    Hiizu, N., Pedersen, M., Alsing, A. & Sneppen, Kim, 2009, I: Journal of Molecular Biology. 394, s. 15-28 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Modeling proteasome dynamics in Parkinson's disease

    Sneppen, Kim, Lizana, G. L., Jensen, Mogens Høgh, Pigolotti, S. & Otzen, D., 2009, I: Physical Biology. 6, 3, s. 036005

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Pathway identification by network pruning in the metabolic network of Escherichia coli

    Gerlee, P. D. M., Lizana, G. L. & Sneppen, Kim, 2009, I: Bioinformatics. 25, 24, s. 3282-3288 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    Reinforced communication and social navigation generate groups in model networks

    Rosvall, M. & Sneppen, Kim, 2009, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 79, 2, Part 2, s. 026111

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Relation of intracellular signal levels and promoter activities in the gal regulon of escherichia coli

    Krishna, S., Orosz, L., Sneppen, Kim, Adhya, S. & Semsey, S., 2009, I: Journal of Molecular Biology. 391, 4, s. 671-678

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Toolbox model of evolution of prokaryotic metabolic networks and their regulation

    Maslov, S., Krishna, S., Pang, T. Y. & Sneppen, Kim, 2009, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 24, s. 9743-9748 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Why do phage play dice?

    Avlund, M., Dodd, I. B., Semsey, S., Sneppen, Kim & Krishna, S., 2009, I: Journal of Virology. 83, 22, s. 11416-11420 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. 2008
  43. Udgivet

    Dynamical analysis on gene activity in the presence of repressors and an interfering promoter

    Nakanishi, H., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 1 nov. 2008, I: Biophysical Journal. 95, 9, s. 4228-4240

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    The generation of promoter-mediated transcriptional noise in bacteria

    Mitarai, Namiko, Dodd, I. B., Crooks, M. T. & Sneppen, Kim, 11 jul. 2008, I: PLoS Computational Biology. 4, 7, s. e 10000109

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Ultrasensitive gene regulation by positive feedback loops in nucleosome modification

    Sneppen, Kim, Micheelsen, M. A. & Dodd, I. B., 15 apr. 2008, I: Molecular Systems Biology. 4, s. 182

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    One hub-one process: a tool based view on regulatory network topology

    Axelsen, J. B., Bernhardsson, S. & Sneppen, Kim, 4 mar. 2008, I: BMC Systems Biology. 2, s. 25

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    The cost and capacity of signaling in the Escherichia coli proetin reaction network

    Axelsen, J. B., Krishna, S. & Sneppen, Kim, 24 jan. 2008, I: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. s. P010018

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Dynamical genetic regulation

    Jensen, Mogens Høgh, Krishna, S., Sneppen, Kim & Tiana, G., 2008, Springer. (Evolution from cellular to social scales, book series: Nato security through science series B: Physics and biophysics.Conference of the Nato-advanced study institute on evolution from cellular to social scales geilo, Norway april 10-20,2007, p.61-68.).

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportBogForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Gene duplication models for directed networks with limits on growth

    Enemark, J. & Sneppen, Kim, 2008, I: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2007, s. P11007

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Komolgorov scaling from random force fields

    Jensen, Mogens Høgh, Sneppen, Kim & Angheluta, L., 2008, I: EPL. 84, 1, s. 10011 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Oscillations and temporal signalling in cells

    Tiana, G., Krishna, S., Pigolotti, S., Jensen, Mogens Høgh & Sneppen, Kim, 2008, I: Physical Biology. 4, 2, s. R1-R17

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  52. Udgivet

    Ribosome collisions and Translation efficiency: Optimization by codon usage and mRNA destabilization

    Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Pedersen, Steen, 2008, I: Journal of Molecular Biology. 382, 1, s. 236-245 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  53. Udgivet

    Signalling and Feedback in Biological Networks

    Krishna, S., Jensen, Mogens Høgh & Sneppen, Kim, 2008, Dynamics on and of Complex Networks: Applications to Biology, computer Sciences, and the Social Sciences ( Modeling and Simulation in Sciences, Engineering and Technolo). Ganguly, N., Deutsch, A. & Mukherjee, A. (red.). Birkhäuser Verlag, s. Part 1 ( Biological Sciences)

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskning

  54. 2007
  55. Combinatorics of feedback in cellular uptake and metabolism of small molecules

    Krishna, S., Semsey, S. & Sneppen, Kim, 26 dec. 2007, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104, 52, s. 20815-9 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  56. Udgivet

    Combinatorics of feedback in cellular uptake and metabolism of small molecules

    Krishna, S., Semsey, S. & Sneppen, Kim, 2007, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 52, s. 20815-20819

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceartikelForskningfagfællebedømt

ID: 10093