Kim Sneppen
Professor
Biokompleksitet
Blegdamsvej 17
2100 København Ø
- 2012
- Udgivet
A simple histone code opens many paths to epigenetics
Sneppen, Kim & Dodd, I. B., 2012, I: P L o S Computational Biology. 8, 8, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multistability with a Metastable Mixed State
Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 5 sep. 2012, I: Physical Review Letters. 109, 10, s. 100602 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Spreading of multiple epidemics with cross immunization
Uekermann, F. & Sneppen, Kim, 13 sep. 2012, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 86, 3, Part 2, s. 036108 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
Key players in the genetic switch of bacteriophage TP901-1.
Alsing, A., Pedersen, M., Sneppen, Kim & Hammer, K., 19 jan. 2011, I: Biophysical Journal. 100, 2, s. 313-321 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Direct and indirect effects in the regulation of overlapping promoters
Bendtsen, K. M., Erdossy, J., Csiszovski, Z., Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim, Krishna, S. & Semsey, S., 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, 16, s. 6879-6885 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Emergence and decline of scientific paradigms
Bornholdt, S., Jensen, Mogens Høgh & Sneppen, Kim, 2 feb. 2011, I: Physical Review Letters. 106, 5, s. 058701 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Barriers and Silencers: A Theoretical Toolkit for Control and Containment of Nucleosome-Based Epigenetic States
Dodd, I. B. & Sneppen, Kim, 9 dec. 2011, I: Journal of Molecular Biology. 414, 4, s. 624-637Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Targeted bacterial immunity buffres phage diversity
Härter, Jan Olaf Mirko, Trusina, Ala & Sneppen, Kim, 21 aug. 2011, I: Journal of Virology. 85, 20, s. 10554-10560 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Locally self-organized quasicritical percolation in a multiple-disease model
Juul, J. S. & Sneppen, Kim, 30 sep. 2011, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 84, 3, s. 0036119 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling the spatial dynamics of culture spreading in the presence of cultural strongholds
Lizana, G. L., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 28 jun. 2011, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 83, 6, s. 066116 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ecosystems with Mutually Exclusive Interactions Self-Organize to a State of High Diversity
Mathiesen, Joachim, Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Trusina, Ala, 25 okt. 2011, I: Physical Review Letters. 107, 18, s. 188101Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The functional half-life of an mRNA depends on the ribosome spacing in an early coding region
Pedersen, M., Nissen, S., Mitarai, Namiko, Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Pedersen, Steen, 2011, I: Journal of Molecular Biology. 407, 1, s. 35-44 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
Minimal gene regulatory circuits for a lysis-lysogeny choice in the presence of noise
Avlund, M., Krishna, S., Semsey, S., Dodd, I. B. & Sneppen, Kim, 20 dec. 2010, I: PLoS ONE. 5, 12, s. 0015037 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural correlations in bacterial metabolic networks
Gerlee, P. D. M., Bernhardsson, P. J. S., Lizana, G. L. & Sneppen, Kim, 1 jun. 2010, I: FEBS Journal. 277, Suppl. 1, s. 114-114 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Sustainability of Virulence in a Phage-Bacterial Ecosystem
Heilmann, Silja, Sneppen, Kim & Krishna, S., 1 mar. 2010, I: Journal of Virology. 84, 6, s. 3016-3022 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Time walkers and spatial dynamics of ageing information
Lizana, G. L., Rosvall, M. & Sneppen, Kim, 29 jan. 2010, I: Physical Review Letters. 104, 4, s. 040603 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Organizational structure and communication networks in a university environment
Mathiesen, Joachim, Jamtveit, B. & Sneppen, Kim, 2 jul. 2010, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 82, 1, s. 016104 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Theory for the stability and regulation of epigenetic landscapes
Micheelsen, M. A., Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Dodd, I. B., 4 jun. 2010, I: Physical Biology. 7, 2, s. 026010 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A minimal model for multiple epidemics and immunity spreading
Sneppen, Kim, Trusina, Ala, Jensen, Mogens Høgh & Bornholdt, S., 18 okt. 2010, I: PLoS ONE. 5, 10, s. e13326Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Economy of operon formation: cotranscription minimizes shortfall in protein complexes
Sneppen, Kim, Pedersen, Steen, Krishna, S., Dodd, I. B. & Semsey, S., 21 sep. 2010, I: Microbe. 1, 4, s. e00177-10Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Simplified models of biological networks
Sneppen, Kim, Krishna, S. & Semsey, S., 4 jan. 2010, I: Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. 9, 39, s. 43-59 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
- Udgivet
Minimal Gene Regulatory Circuits that Can Count like Bacteriophage Lambda
Avlund, M., Dodd, I. B., Sneppen, Kim & Krishna, S., 11 dec. 2009, I: Journal of Molecular Biology. 394, 4, s. 681-693Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Why do phage play dice?
Avlund, M., Dodd, I. B., Semsey, S., Sneppen, Kim & Krishna, S., nov. 2009, I: Journal of Virology. 83, 22, s. 11416-20 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Why do phage play dice?
Avlund, M., Dodd, I. B., Semsey, S., Sneppen, Kim & Krishna, S., 2009, I: Journal of Virology. 83, 22, s. 11416-11420 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pathway identification by network pruning in the metabolic network of Escherichia coli
Gerlee, P. D. M., Lizana, G. L. & Sneppen, Kim, 2009, I: Bioinformatics. 25, 24, s. 3282-3288 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling of the genetic switch of bacteriophage TP901-1: a heteromer of CI and MOR ensures robust bistability
Hiizu, N., Pedersen, M., Alsing, A. & Sneppen, Kim, 2009, I: Journal of Molecular Biology. 394, s. 15-28 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Relation of intracellular signal levels and promoter activities in the gal regulon of escherichia coli
Krishna, S., Orosz, L., Sneppen, Kim, Adhya, S. & Semsey, S., 2009, I: Journal of Molecular Biology. 391, 4, s. 671-678Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Toolbox model of evolution of prokaryotic metabolic networks and their regulation
Maslov, S., Krishna, S., Pang, T. Y. & Sneppen, Kim, 2009, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 24, s. 9743-9748 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamic features of gene expression control by small regulatory RNAs
Mitarai, Namiko, Bemjamin, J., Krishna, S., Semsey, S., Csiszovszki, Z., Masse, E. & Sneppen, Kim, 2009, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 106, 26, s. 10655-10659 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Dynamic features of gene expression control by small regulatory RNAs
Mitarai, Namiko, Benjamin, J. M., Krishna, S., Semsey, S., Csiszovszki, Z., Massé, E. & Sneppen, Kim, 30 jun. 2009, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106, 26, s. 10655-9 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Reinforced communication and social navigation generate groups in model networks
Rosvall, M. & Sneppen, Kim, 2009, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 79, 2, Part 2, s. 026111Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dominant negative autoregulation limits steady-state repression levels in gene networks
Semsey, S., Krishna, S., Erdossy, J., Horvath, P., Orosz, L., Sneppen, Kim & Adhya, S., 2009, I: Journal of Bacteriology. 191, 14, s. 4487-4491 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Dominant negative autoregulation limits steady-state repression levels in gene networks
Semsey, S., Krishna, S., Erdossy, J., Horváth, P., Orosz, L., Sneppen, Kim & Adhya, S., jul. 2009, I: Journal of Bacteriology. 191, 14, s. 4487-91 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamics of the recovery from sRNA-mediated gene silencing
Semsey, S., Bemjamin, J., Mitarai, Namiko, Krishna, S., Csiszovszki, Z., Sneppen, Kim & Masse, E., 2009, I: Cell Cycle. 8, 18, s. 2863-2864 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling proteasome dynamics in Parkinson's disease
Sneppen, Kim, Lizana, G. L., Jensen, Mogens Høgh, Pigolotti, S. & Otzen, D., 2009, I: Physical Biology. 6, 3, s. 036005Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Dynamics of uptake and metabolism of small molecules in cellular response systems
Werner, M., Semsey, S., Sneppen, Kim & Krishna, S., 2009, I: P L o S One. 4, 3, s. e4923Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamics of uptake and metabolism of small molecules in cellular response systems
Werner, M., Semsey, S., Sneppen, Kim & Krishna, S., 2009, I: PLoS ONE. 4, 3, s. e4923Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
- Udgivet
One hub-one process: a tool based view on regulatory network topology
Axelsen, J. B., Bernhardsson, S. & Sneppen, Kim, 4 mar. 2008, I: BMC Systems Biology. 2, s. 25Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The cost and capacity of signaling in the Escherichia coli proetin reaction network
Axelsen, J. B., Krishna, S. & Sneppen, Kim, 24 jan. 2008, I: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. s. P010018Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gene duplication models for directed networks with limits on growth
Enemark, J. & Sneppen, Kim, 2008, I: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2007, s. P11007Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamical genetic regulation
Jensen, Mogens Høgh, Krishna, S., Sneppen, Kim & Tiana, G., 2008, Springer. (Evolution from cellular to social scales, book series: Nato security through science series B: Physics and biophysics.Conference of the Nato-advanced study institute on evolution from cellular to social scales geilo, Norway april 10-20,2007, p.61-68.).Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Komolgorov scaling from random force fields
Jensen, Mogens Høgh, Sneppen, Kim & Angheluta, L., 2008, I: EPL. 84, 1, s. 10011 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Signalling and Feedback in Biological Networks
Krishna, S., Jensen, Mogens Høgh & Sneppen, Kim, 2008, Dynamics on and of Complex Networks: Applications to Biology, computer Sciences, and the Social Sciences ( Modeling and Simulation in Sciences, Engineering and Technolo). Ganguly, N., Deutsch, A. & Mukherjee, A. (red.). Birkhäuser Verlag, s. Part 1 ( Biological Sciences)Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning
- Udgivet
Ribosome collisions and Translation efficiency: Optimization by codon usage and mRNA destabilization
Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Pedersen, Steen, 2008, I: Journal of Molecular Biology. 382, 1, s. 236-245 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The generation of promoter-mediated transcriptional noise in bacteria
Mitarai, Namiko, Dodd, I. B., Crooks, M. T. & Sneppen, Kim, 11 jul. 2008, I: PLoS Computational Biology. 4, 7, s. e 10000109Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamical analysis on gene activity in the presence of repressors and an interfering promoter
Nakanishi, H., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 1 nov. 2008, I: Biophysical Journal. 95, 9, s. 4228-4240Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ultrasensitive gene regulation by positive feedback loops in nucleosome modification
Sneppen, Kim, Micheelsen, M. A. & Dodd, I. B., 15 apr. 2008, I: Molecular Systems Biology. 4, s. 182Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Oscillations and temporal signalling in cells
Tiana, G., Krishna, S., Pigolotti, S., Jensen, Mogens Høgh & Sneppen, Kim, 2008, I: Physical Biology. 4, 2, s. R1-R17Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
- Udgivet
Theoretical analysis of epigenetic cell memory by nucleosome modification
Dodd, I. B., Micheelsen, M. A., Sneppen, Kim & Thon, Genevieve, 2007, I: Cell. 129, 4, s. 813-22 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modelling transcriptional interference and DNA looping in gene regulation
Dodd, I. B., Shearwin, K. & Sneppen, Kim, 2007, I: Journal of Molecular Biology. 369, 5, s. 1200-1213Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 10093
Flest downloads
-
2297
downloads
Direct and indirect effects in the regulation of overlapping promoters
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
2142
downloads
Single-cell Analysis of Lambda Immunity Regulation
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1916
downloads
The functional half-life of an mRNA depends on the ribosome spacing in an early coding region
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet