Anerkendelse
Siden fulgte i 1997 Danmarks Radios 'Jens Rosenkjær pris' og Tycho Brahe medaljen. H.C. Ørsted medaljen i sølv og et ridderkors blev tildelt i 2000, hvor han også modtog Svend Bergsøes Formidlingslegat
I 2002 blev han tildelt et æresprofessorat på Aarhus Universitet, men kronen på pristildelingerne blev Det Kongelige Danske Videnskabernes Selskabs guldmedalje, som Jens Martin Knudsen fik overrakt i efteråret 2004.