Namiko Mitarai
Lektor
Biokompleksitet
Blegdamsvej 17
2100 København Ø
- Udgivet
When to wake up? The optimal waking-up strategies for starvation-induced persistence
Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, 11 feb. 2021, I: PLoS Computational Biology. 17, 2, 21 s., 1008655.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Wet granular materials
Mitarai, Namiko & Nori, F., 30 jun. 2006, I: Advances in Physics. 55, 1-2, s. 1-45 45 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Velocity correlations in dense granular shear flows: Effects on energy dissipation and normal stress
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 2007, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 75, 3, s. 031305Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Valine-Induced Isoleucine Starvation in Escherichia coli K-12 Studied by Spike-In Normalized RNA Sequencing
Gummesson, Bertil, Shah, S. A., Borum, A. S., Fessler, M., Mitarai, Namiko, Sørensen, Michael Askvad & Svenningsen, Sine Lo, 2020, I: Frontiers in Genetics. 11, 17 s., 144.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Toxins, Targets, and Triggers: An Overview of Toxin-Antitoxin Biology
Harms, A., Brodersen, D. E., Mitarai, Namiko & Gerdes, K., 7 jun. 2018, I: Molecular Cell. 70, 5, s. 768-784 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Three is much more than two in coarsening dynamics of cyclic competitions
Mitarai, Namiko, Gunnarson, I., Pedersen, B. N., Rosiek, C. A. & Sneppen, Kim, apr. 2016, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 93, 042408.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Theory of invasion extinction dynamics in minimal food webs
Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 12 feb. 2018, I: Physical Review E. 97, 2, 10 s., 022404.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Theory for the stability and regulation of epigenetic landscapes
Micheelsen, M. A., Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Dodd, I. B., 4 jun. 2010, I: Physical Biology. 7, 2, s. 026010 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The generation of promoter-mediated transcriptional noise in bacteria
Mitarai, Namiko, Dodd, I. B., Crooks, M. T. & Sneppen, Kim, 11 jul. 2008, I: PLoS Computational Biology. 4, 7, s. e 10000109Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The functional half-life of an mRNA depends on the ribosome spacing in an early coding region
Pedersen, M., Nissen, S., Mitarai, Namiko, Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Pedersen, Steen, 2011, I: Journal of Molecular Biology. 407, 1, s. 35-44 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The dynamics of phage predation on a microcolony
Eriksen, R. S., Larsen, Frej Andreas Nøhr, Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 2024, I: Biophysical Journal. 123, 2, s. 147-156 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Gompertz Law emerges naturally from the inter-dependencies between sub-components in complex organisms
Yde, Pernille, Jensen, Majken Karoline, Mitarai, Namiko & Bhatt, Samir, 2024, I: Scientific Reports. 14, 1, 11 s., 1196.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Synchronized switching of multiple toxin-antitoxin modules by (p)ppGpp fluctuation
Tian, C., Semsey, S. & Mitarai, Namiko, 21 aug. 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, 14, s. 8180-8189 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Switching between oscillations and homeostasis in competing negative and positive feedback motifs
Li, W., Krishna, S., Pigolotti, S., Mitarai, Namiko & Jensen, Mogens Høgh, 21 aug. 2012, I: Journal of Theoretical Biology. 307, s. 205-210Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sustainable diversity of phage-bacteria systems
Mitarai, Namiko, Marantos, Anastasios & Sneppen, Kim, 1 jun. 2023, I: Current Opinion in Systems Biology. 35, 6 s., 100468.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sustainability of spatially distributed bacteria-phage systems
Eriksen, R. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2020, I: Scientific Reports. 10, 1, s. 1-12 3154.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Stability analysis of optimal velocity model for traffic and granular flow under open boundary condition
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 1 aug. 1999, I: Journal of the Physical Society of Japan. 68, 8, s. 2475-2478Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Stability analysis of collisional granular flow on a slope
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 30 sep. 2003, I: International Journal of Modern Physics B. 17, 22-24 II, s. 4290-4294 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Speciation, diversification, and coexistence of sessile species that compete for space
Mitarai, Namiko, Heinsalu, E. & Sneppen, Kim, 12 maj 2014, I: PloS One. 9, 5, s. e96665Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Spatiotemporal structure of traffic flow in a system with an open boundary
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 21 aug. 2000, I: Physical Review Letters. 85, 8, s. 1766-1769Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Simple model for wet granular materials with liquid cluster
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 1 dec. 2009, I: EPL. 88, 6, s. 64001Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Simple Interaction Model for Particlly Wet Granular Materials
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 1 feb. 2010, I: A I P Conference Proceedings Series. 1227, s. 214-220Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Shear Thickening Oscillation in a Dilatant Fluid
Nakanishi, H. & Mitarai, Namiko, 25 feb. 2011, I: Journal of the Physical Society of Japan. 80, 3, s. 033801Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ribosome collisions and Translation efficiency: Optimization by codon usage and mRNA destabilization
Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Pedersen, Steen, 2008, I: Journal of Molecular Biology. 382, 1, s. 236-245 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid Curtailing of the Stringent Response by Toxin-Antitoxin Encoded mRNases
Tian, C., Roghanian, Mohammad, Jørgensen, M. G., Sneppen, Kim, Sørensen, Michael Askvad, Gerdes, K. & Mitarai, Namiko, jul. 2016, I: Journal of Bacteriology. 198, 14, s. 1918-1926Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein Localization with Flexible DNA or RNA
Bernhardsson, P. J. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 10 feb. 2012, I: PLoS.ONE.. 7, 2, s. e29218Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protection of bacteriophage-sensitive Escherichia coli by lysogens
Brown, Stanley, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2 apr. 2022, I: Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS). 119, 4, e2106005119.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Population Dynamics of Phage and Bacteria in Spatially Structured Habitats Using Phage lambda and Escherichia coli
Mitarai, Namiko, Brown, Stanley & Sneppen, Kim, 11 apr. 2016, I: Journal of Bacteriology. 198, 12, s. 1783-1793Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phage and bacteria support mutual diversity in a narrowing staircase of coexistence
Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 3 nov. 2014, I: I S M E Journal. 28, 11, s. 2317-2326Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
On Phage Adsorption to Bacterial Chains
Eriksen, R. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 3 nov. 2020, I: Biophysical Journal. 119, 9, s. 1896-1904 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Occlusion of the ribosome binding site connects the translational initiation frequency, mRNA stability and premature transcription termination
Eriksen, M., Sneppen, Kim, Pedersen, Steen & Mitarai, Namiko, 14 mar. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 7 s., 362.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Nonideal behavior of intramolecular structure factor of dilute polymers in a theta solvent
Shimomura, K., Nakanishi, H. & Mitarai, Namiko, 2009, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 80, 5, Part 1, s. 051804Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multistability with a Metastable Mixed State
Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 5 sep. 2012, I: Physical Review Letters. 109, 10, s. 100602 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Motility mediates satellite formation in confined biofilms
Cordero, Mireia, Mitarai, Namiko & Jauffred, Liselotte, 17 aug. 2023, I: ISME Journal. 17, s. 1819-1827 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling the spatial dynamics of culture spreading in the presence of cultural strongholds
Lizana, G. L., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 28 jun. 2011, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 83, 6, s. 066116 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling slow-processing of toxin messenger RNAs in type-I toxin-antitoxin systems: post-segregational killing and noise filtering
Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, mar. 2019, I: Physical Biology. 16, 2, 026001.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling rises and falls in money addicted social hierarchies
Dybiec, B., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2014, I: Physica Scripta. 89, 8, 085002.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Loewner driving functions for off-critical percolation clusters
Kondo, Y., Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 2009, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 80, 5, Part 1, s. 050102Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Linear stability analysis of rapid granular flow down a slope and density wave formation
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 25 maj 2004, I: Journal of Fluid Mechanics. 507, s. 309-334Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Lattice model of sweeping interface for drying process in water-granule mixture
Nakanishi, H., Yamamoto, R., Hayase, Y. & Mitarai, Namiko, 1 feb. 2007, I: Journal of the Physical Society of Japan. 76, 2, 024003.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Instability of dilute granular flows on rough slope
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 1 okt. 2001, I: Journal of the Physical Society of Japan. 70, 10, s. 2809-2812Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Information spreading and development of cultural centers
Dybiec, B. M., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 18 maj 2012, I: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 85, 5, s. 056116 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
How pirate phage interferes with helper phage: Comparison of the two distinct strategies
Mitarai, Namiko, 7 feb. 2020, I: Journal of Theoretical Biology. 486, 9 s., 110096.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hard-sphere limit of soft-sphere model for granular materials: Stiffness dependence of steady granular flow
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 19 feb. 2003, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 67, 2, 021301.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Granular flow: dry and wet
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 2012, I: European Physical Journal. Special Topics. 204, 1, s. 5-17 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gene Expression Changes with Minor Effects on the Population Average Have Major Effects on the Occurrence of Cells with Extreme Protein Concentrations
Svenningsen, Mikkel Skjoldan, Semsey, S. & Mitarai, Namiko, 2019, I: mSphere. 4, 1, s. 1-6 e00575-18.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
From kill the winner to eliminate the winner in open phage-bacteria systems
Marantos, Anastasios, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 8 aug. 2022, I: PLOS Computational Biology. 18, 8, 15 s., e1010400.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Food Web Assembly Rules for Generalized Lotka-Volterra Equations
Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, feb. 2016, I: PLoS Computational Biology. 12, 2, e1004727.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fluid dynamics of dilatant fluid
Nakanishi, H., Nagahiro, S. & Mitarai, Namiko, 12 jan. 2012, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 85, 1, s. 011401 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast Translation within the First 45 Codons Decreases mRNA Stability and Increases Premature Transcription Termination in E. coli
Pedersen, Steen, Terkelsen, Thilde Bagger, Eriksen, M., Hauge, M. K., Lund, C. C., Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 2019, I: Journal of Molecular Biology. 431, 6, s. 1088-1097 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 12071632
Flest downloads
-
1916
downloads
The functional half-life of an mRNA depends on the ribosome spacing in an early coding region
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1475
downloads
Conditional Cooperativity of Toxin - Antitoxin Regulation Can Mediate Bistability between Growth and Dormancy
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
842
downloads
Speciation, diversification, and coexistence of sessile species that compete for space
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet